Existen en el mundo más de 100.000 especies de hongos que viven libres en la naturaleza (suelo, en material orgánico en putrefacción y aire), pero sólo alrededor de veinte de ellas causan infecciones en el aparato respiratorio humano.

Los hongos ingresan al pulmón a través de la inhalación de esporas y a partir de allí pueden diseminarse a otros órganos. Por ello, frecuentemente, cursan con síntomas de un cuadro respiratorio

Cincuenta años atrás las micosis más vistas eran las que correspondían a regiones endémicas de América, Asia y África, como la histoplasmosis, la blastomicosis y la coccidioidiomicosis, entre otras. Clásicamente se presentaban como neumonías de evolución crónica en personas previamente sanas y permanecían localizadas en el pulmón.

Más recientemente aumentó la frecuencia de cuadros clínicos más agudos y graves. Las personas más propensas a adquirir este tipo de infecciones son las que padecen algún tipo de  falla de la capacidad defensiva del organismo (inmunodepresión): receptores de transplantes, pacientes con cáncer de las células sanguíneas o que con otro de tipo de cáncer que reciben quimioterapia intensa, tratamientos con corticoides por tiempo prolongado, portadores de VIH y enfermos de SIDA. Los hongos con un papel preponderante en este tipo de infecciones son los llamados oportunistas, es decir que aprovechan la situación de depresión inmunológica del huésped para causar enfermedad. Entre estas especies se mencionan el Aspergilus, la Candida, el Criptococo, etc.

Las enfermedades pulmonares constituyen un factor de riesgo de infecciones micóticas. Entre estas afecciones se mencionan lesiones secuelares de tuberculosis, la ventilación mecánica prolongada y la enfermedad pulmonar obstructiva crónica grave.

La evolución de las micosis pulmonares es benigna cuando las defensas del huésped funcionan normalmente y la cantidad de inóculo inhalado es pequeña. En este caso el equilibrio huésped-hongo favorece al primero dejando una  memoria inmunológica que le confiere resistencia a las reinfecciones. Por el contrario, cuando el hongo logra sobrepasar las barreras defensivas del huésped se multiplica produciendo una micosis pulmonar que puede  diseminarse a otros órganos.

Este último tipo de evolución es más frecuente en pacientes inmunosuprimidos o con enfermedades pulmonares previas.